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| 単著 | |
| 1980年 | 『明治国家形成と地方経営 1881～1890年』（東京大学出版会） |
| 1984年 | 『首都計画の政治 形成期明治国家の実像』（山川出版社） |
| 1996年 | 『政策の総合と権力 日本政治の戦前と戦後』（東京大学出版会） |
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『東京 首都は国家を超えるか』（読売新聞社） |
| 1997年 | 『本に映る時代』（読売新聞社） |
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『馬場恒吾の面目 危機の時代のリベラリスト』（中央公論新社） <2005年、第２版> |
| 2001年 | 『日本の近代３ 明治国家の完成』（中央公論新社） |
| 2002年 | 『オーラル・ヒストリー』（中公新書） |
| 2004年 | 『「保守」の終わり』（毎日新聞社） |
| 2006年 | 『ニヒリズムの宰相 小泉純一郎論』（PHP新書） |
| 『天皇と政治』（藤原書店） | |
| 2007年 | 『明治国家をつくる』（藤原書店） |
| 2008年 | 『表象の戦後人物誌』（千倉書房） |
| 2009年 | 『政治の終わり、政治の始まり』,単著（藤原書店） |
| 2010年 | 『後藤田正晴と矢口洪一の統率力』,単著（朝日新聞出版） |
| 『権力の館を歩く』,単著（毎日新聞社） | |
| 2011年 | 『知と情 宮澤喜一と竹下登の政治観』,単著（朝日新聞出版） |
| 『「質問力」の教科書』,単著（講談社） | |
| 『近現代日本を史料で読む――「大久保利通日記」から「富田メモ」まで』,単著（中公新書) | |
| 『ＮＨＫ さかのぼり日本史,単著（３）――昭和～明治 挫折した政党政治』,単著（ＮＨＫ出版） | |
| 『「戦後」が終わり、「災後」が始まる。』,単著（千倉書房） | 2012年 | 『日本の近代3――明治国家の完成1890～1905』（中公文庫） |
| 『政治へのまなざし』(千倉書房) | 2013年 | 『権力の館を歩く――建築空間の政治学』（ちくま文庫） |
| 『馬場恒吾の面目――危機の時代のリベラリスト』（中公文庫） | 2014年 | 『知の格闘――掟破りの政治学講義』（ちくま新書） | 2015年 | 『政治の眼力――永田町「快人・怪物」列伝』（文春新書） |
| 『安倍政権は本当に強いのか―盤石ゆえに脆い政権運営の正体』（PHP・新書） | 2016年 | 『政治家の見極め方』（NHK出版新書） |
| 『戦後をつくる――追憶から希望への透視図』(吉田書店) | |
| 『後藤田正晴と矢口洪一―― 戦後を作った警察・司法官僚』 (ちくま文庫) | |
| 『宮澤喜一と竹下登―― 戦後保守の栄光と挫折』 (ちくま文庫) | |
| 『人を見抜く「質問力」』 (ポプラ新書) | 2017年 | 『明治史論集――書くことと読むこと』(吉田書店) |
| 『政党政治はなぜ自滅したのか? －さかのぼり日本史』 (文春文庫) | |
| 共著／編著 | |
| 1986年 | 『言論は日本を動かす(1)近代を考える』（講談社） |
| 1987年 | 『日本歴史大系・近代Ⅰ』（山川出版社） |
| 1995年 | 『戦後日本・占領と戦後改革(2)占領と改革』（岩波書店） |
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『戦後日本の宰相たち』（中央公論新社、2001年5月、中公文庫） |
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『年報政治学・現代日本政官関係の形成過程―1995』（岩波書店） |
| 1996年 | 『忘れられた日米関係 ヘレン・ミアーズの問い』（ちくま新書） |
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『明治国家の成立』（山川出版社） |
| 2000年 | 『戦争・復興・発展－昭和政治史における権力と構想』(・結梠蜉w出版会) |
| 2003年 | 『日本政治史－20世紀の日本政治』（放送大学教育振興会） |
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『歴代首相物語』（新書館） |
| 2004年 | 『時代の先覚者・後藤新平 1857-1929』（藤原書店） |
| 2005年 | 『オーラル・ヒストリー 日本政治学会年報2004 』（岩波書店） |
| 2006年 | 『政策の総合調整 年報公共政策研究2006』（有斐閣） |
| 2007年 | 『内閣機能は強化されたか 日本政治研究』4巻1号（木鐸社） |
| 『日本政治外交史－転換期の政治指導』（放送大学教育振興会） | |
| 『後藤新平の「仕事」』（藤原書店） | |
| 『後藤新平大全』（藤原書店） | |
| 『宰相たちのデッサン－幻の伝記で読む日本のリーダー』（ゆまに書・[） | |
| 『オーラル・ヒストリー入門』（岩波書店） | |
| 2008年 | 『ト部日記 富田メモで読む人間・昭和天皇』（朝日新聞社） |
| 『東大先端研物語 ― 東京大学先端科学技術研究センター二〇年のあゆみ ―』（中央公論事業出版） | |
| 『共同研究 団塊の世代とは何か』（講談社） | 2011年 | 『武・ｺ正義回顧録―聞き書』(岩波書店) | 2012年 | 『聞き書 野中広務回顧録』(岩波書店) |
| 『「政治主導」の教訓―政権交代は何をもたらしたのか』(勁草書房) | 2013年 | 『歴代首相物語 -- 増補新版』(新書館) |
| 『政権交代を超えて―政治改革の20年』(岩波書店) | |
| 『園部逸夫オーラル・ヒストリー―タテ社会をヨコに生きて』(法律文化社) | |
| 『政治の終焉』（NHK出版新書） | 2014年 | 『日本政治ひざ打ち問答』(日経プレミアシリーズ) |
| 『「災後」の文明』(阪急コミュニケーションズ) | 2015年 | 『わが記憶、わが記録―堤清二×辻井喬オーラルヒストリー』(中央公論新社) |
| 『建築と権力のダイナミズム』(岩波書店) | |
| 『「昭和天皇実録」の謎を解く』（文春新書） | 2016年 | 『大震災復興過程の政策比較分析―関東、阪神・淡路、東日本の三大震災の検証』（ミネルヴァ書房） |
| 『政治が危ない』(日本経済新聞出版社) | 2017年 | 『舞台をまわす、舞台がまわる - 山崎正和オーラルヒストリー』（中央公論新社） |
| 『御厨政治史学とは何か』（吉田書店） | |
| 編集委員 | |
| 1989～98年 | 『年報・近代日本研究』全10巻（山川出版社・j |
| 1994～96年 | 『経済安定本部 戦後経済政策資料』全41巻（日本経済評論社） |
| 1994～95年 | 『ＡＶライブラリー 現代日本の形成過程』全52巻（丸善） |
| 1994～95年 | 『シリーズ東京を考える』全5巻（都市出版） |
| 1995～97年 | 『20世紀の日本』全12巻（読売新聞社） |
| 1998～01年 | 『日本の近代』全16巻（中央公論社） |
| 1999～01年 | 『近代日本文化論』全11巻（岩波書店） |
| 2003年～刊行中 | 『ミネルヴァ日本評伝選』全100巻（ミネルヴァ書房） |
| 2004～07年 | 『日本政治研究』全10巻（木鐸社） |
| 編集・校訂・解説 | |
| 1978～81年 | 『伊藤博文関係文書』6～9巻（塙書房） |
| 1985年 | 『宮島誠一郎文書目録』（東京都立大学法学部） |
| 1988年 | 『山岡萬之助関係文書目録』（学習院大学法学部） |
| 1997年 | 『笹川良一「巣鴨日記」』（中央公論社） |
| 1999年 | 『徳川義寛終戦日記』（朝日新・ｷ社） |
| 2001年 | 『東京都立大学法政研究室所蔵・電力コレクション目録』 （東京都立大学法学・煤j |
| 2007年 | 『卜部亮吾侍従日記』全5巻（朝日新聞社） |
| オーラル・ヒストリー 編集・解説 | |
| 【通産省・産業研究所報告書】 | |
| 1987年～89年 | 『機械工業臨時措置法が及ぼした経済的・社会的影響に関する調査研究』全3巻（通産省・産業研究所） |
| 【政策研究大学院大学報告書】 | |
| 2001年 | 『竹内良夫オーラルヒストリー』（元関西国際空港社長） |
| 2002年 | 『「阪神・淡路震災復興委員会」・i1995-1996）委員長・下河辺淳 「同時進行」オーラルヒストリー』上・下 |
| 2003年 | 『石炭政策オーラルヒストリー』 |
| 2004年 | 『宮澤喜一オーラルヒストリー』（元内閣総理大臣） |
| 『矢口洪一オーラル・ヒストリー』（元最高裁判所長官） | |
| 2005年 | 『工藤敦夫オーラル・ヒストリー』（元内閣法制局長官） |
| 『本野盛幸オーラルヒストリー』（元外務審議官、フランス大使） | |
| 『柳谷謙介オーラルヒストリー』（元外務次官） | |
| 『水上萬里夫オーラルヒストリー』（元日本長期信用銀行副頭取） | |
| 『堤清二オーラルヒストリー』（財団法人セゾン文化財団理事長） | |
| 『福本邦雄オーラル・ヒストリー』（フジ出版社社長） | |
| 『まちづくり行政オーラル・ヒストリー』 | |
| 【東京大学先端科学技術研究センター報告書】 | |
| 2006年 | 『塩飽二郎オーラル・ヒストリー』（元農水省審議官） |
| 『園部逸夫オーラル・ヒストリー・x（元最高裁判所判事） | |
| 【商業出版】 | |
| 1994年 | 下河辺淳『戦後国土計画への証言』（日本経済評論社） |
| 1996年 | 総合研究開発機構編『戦後国土政策の検証』上・下（NIRA研究報告書） |
| 1998年 | 政策研究大学院大学政策情報プロジェクト編 『政策とオーラルヒストリー』（中央公論社） |
| 後藤田正晴『情と理－後藤田正晴回顧録』上・下 （講談社）(2006年、講談社+α文庫) |
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| 1999年 | 鈴木俊一『官を生きる鈴木俊一回顧録』（都市出版） |
| 2000年 | 伊藤隆・御厨貴・飯尾潤『渡邉恒雄回顧録』 （中央公論新社）（2007年、中公文庫） |
| 2001年 | 竹下登『政治とは何か竹下登回顧録』（講談社） |
| 2002年 | 奥野誠亮『派に頼らず、義を忘れず』（PHP研究所） |
| 石原信雄『首相官邸の決断内閣官房副長官石原信雄の2600日』 （中公文庫） |
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| 竹内良夫『土木学を求めて』（都市計画通信社） | |
| 2003年 | 日本河川協会編『河川オーラルヒストリー』1-6（日本河川協会） |
| 2005年 | 中村隆英・御厨貴編『宮澤喜一回顧録』（岩波書店） |
| 2006年 | 流通科学大学編『中内功回想録』（学校法人中内学園流通科学大学） |
| 2007年 | 福本邦雄『表舞台裏舞台』（講談社） |
| 解説 | |
| 2005年 | 馬場恒吾『自伝点描』（中公文庫） |
| 2006年 | 沢木耕太郎『危機の宰相』（魁星出版） |
| 徳富蘇峰『終戦後日記－頑蘇夢物語』（・u談社） | |
| 庄司薫『狼なんかこわくない』（中公文庫） | |
| 2007年 | 『私の履歴書 保守政権の担い手』（日経ビジネス人文庫） |
| 英文論文 | |
| 1996年 | The Establishment of the 1955 Regime: From the Perspective of Changes in the Image of Government under the Constitution of Japan. (ACTA ASIATICA No.71. The Toho Gakkai) |
| 1997年 | The Japanese Bureaucracy. (Japan Echo Special Issue 1996) |
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